Şəki Heydər Əliyev Mərkəzi Ulu Öndərin həyat və fəaliyyətinin, zəngin dövlətçilik irsinin öyrənilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin 10 fevral 2006-cı il tarixli “4-№ li əmrinə müvafiq olaraq inşa edilmiş Heydər Əliyev Muzeyi kimi fəaliyyətə başlamışdır. 13 aprel 2006 -ci il tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin iştirakı ilə muzeyin rəsmi açılışı olmuşdur. 01 may 2013-ci il tarixindən Azərbaycan Respublikasının Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin 24.01.2012-ci il tarixli 19 №li əmrinə əsasən muzeyin fəaliyət sahələri daha da genişləndirilərək Heydər Əliyev Mərkəzi kimi fəaliyyətini davam etdirmişdir.

Şəki Heydər Əliyev Mərkəzi Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin dövlətçilik fəlsəfəsi və azərbaycançılıq məfkurəsinin öyrənilməsi, geniş təbliğ olunması, həyatı və fəaliyyəti ilə bağlı materialları toplayan, qoruyan,elmi cəhətdən öyrənilməsini təşkil edən, habelə hərtərəfli inkişaf etdirilməsini təmin edən mədəniyyət, elmi-tədqiqat qurumu olan dövlət müssisəsidir.

Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin iştirakı ilə 29 oktyabr 2018-ci ildə Mərkəzin yeni tikilmiş binasının açılış mərasimi keçirilmiş və istifadəyə verilmişdir. Mərkəzin yeni binası öz müasir görünüşü, zövqlə dizayın edilmiş interyeri və çox funksiyalılığı ilə seçilir. Binanın eksteryer dizaynı şəhərə xüsusi gözəllik verir, şəhərin ümumi görünüşü ilə vəhdət təşkil edərək onu daha da müasirləşdirir.

Mərkəz öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitutsiyasının, “Mədəniyyət haqqında”, “Muzeylər haqqında”, Azərbaycan Respublikasının qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, nazirliyinin əmr və kollegiya qərarlarını, digər normativ aktları və Heydər Əliyev Mərkəzlərinin Əsasnaməsini rəhbər tutur.

Mərkəz öz vəzifələrini yerinə yetirərkən və hüquqlarını həyata keçirərkən Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Administrasiyası, Heydər Əliyev Fondu, Mədəniyyət Nazirliyi, Yerli İcra Hakimiyyəti, yerli özünüidarəetmə orqanları, yaradıcılıq ittifaqları, elmi-tədqiqat, təhsil, mədəniyyət müəssisələri, habelə qeyri hökumət təşkilatları ilə qarşılıqlı əlaqəli fəaliyyət göstərir.

Mərkəzin fəaliyyət istiqamətlərinə:

Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin fəaliyyəti ilə bağlı materialların toplanması, elmi tədqiqi və təbliği, fondlarda qorunması, ekspozisiya və sərgilərdə nümayiş etdirilməsi;

Ümummilli lider Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyəti ilə bağlı tarixi əşyaların, maddi-mədəni abidələrin toplanması, kataloqlaşdırılması, qorunub saxlanılması və müvafiq elektron resuslarda yerləşdirilməsinin təmin edilməsi;Heydər Əliyev irsinin öyrənilməsi ilə bağlı digər qurumlarla əməkdaşlıq proqramlarının inkişaf etdirilməsi;

Xalqımızın ümummilli lideri Heydər Əliyev irsinə dair tarixi araşdırmaların və tədqiqatların təbliğ edilməsi kimi sahələr daxildir.

Mərkəz xalqımızın ümummilli lideri Heydər Əliyevin irsinin araşdırılması və təbliği kimi şərəfli missiyanı daim diqqət mərkəzində saxlayır və inkişaf etdirməyə səy göstərir.