Şəki şəhər MKS-nin strukturunu 1 mərkəzi kitabxana və 64 kitabxana filialı təşkil edir. MKS-nin ümumi kitab fondu 570696 nüsxədir. Onlardan 664 ədədi elektron nəşrlərdir. Oxucuların sayı isə 51 min nəfərdir. Kitab verilişi 834750 nüsxə təşkil edir. İl ərzində MKS üzrə 2053 kütləvi tədbir keçirilmişdir. 

Hazırda MKS-nin 20 kitabxana filialında multimedia xidməti təşkil olunmuşdur.

Şəki şəhərinin mərkəzi kitabxanası 1920-ci ildə ictimai qiraətxana kimi fəaliyyətə başlamışdır. 
Kitabxana XIX əsrdə mehmanxana kimi inşa olunmuş qədim memarlıq abidəsinin binasında yerləşir. Sahəsi 600 kv/m-dir. 1940-cı ildə bu kitabxanaya XIX əsrin qüdrətli söz ustalarından biri olan İsmayıl bəy Sədrəddinbəyovun (Nakamın) adı verilmişdir. Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyinin təşəbbüsü ilə 2012-ci ildə bu kitabxanada əsaslı bərpa işləri aparılmışdır. Kitabxana yeni istilik sistemi ilə təchiz olunmuş, müasir avadanlıqlarla təmin edilərək oxucuların istifadəsinə verilmişdir.
Mərkəzi kitabxananın 54500 nüsxə kitab fondu vardır. Onlardan 349 nüsxəsi audioviziual sənədlərdir. Kitabxananın 6117 nəfər oxucusu var və onlara 80 mindən yuxarı ədəbiyyat verilmişdir. 
İl ərzində kitabxanada 200-dən artıq kütləvi tədbir təşkil olunmuşdur.
Mərkəzi kitabxananın aşağıdakı şöbələri vardır:

1. Oxuculara xidmət şöbəsi; 
2. Komplektləşdirmə və kitabişləmə şöbəsi; 
3. Metodika və biblioqrafiya şöbəsi;
4. Kitabxana-biblioqrafiya proseslərinin avtomatlaşdırılması şöbəsi;
5. İnformasiya-resurs şöbəsi;
6. Uşaq şöbəsi;

Mərkəzi kitabxana 2010-cu ildən İRBİS 64 proqramına qoşulmuşdur. Mərkəzi kitabxanada elektron kataloq və elektron kitabxana yaradılmışdır.

MKS-nin direktoru  vəzifə səlahiyyətlərini müvəqqəti icra edən İsmayılova Kəmalə 

Şəki şəhər MKS-nin şəhərdə 15 kitabxana filial fəaliyyət göstərir. 49 kitabxana filial isə qəsəbə və kənd yaşayış məntəqələrində fəaliyyət göstərir.

1. Kiş kənd 16 saylı kitabxana filial
2. Cunud kənd 17 saylı kitabxana filial
3. Aşağı Göynük kənd 18 saylı kitabxana filial
4. Kiçik Dəhnə kənd 19 saylı kitabxana filial
5. Aşağı Layıskı kənd 20 saylı kitabxana filial
6. Böyük Dəhnə kənd 21 saylı kitabxana filial
7. Şin kənd 22 saylı kitabxana filial
8. Suçma kənd 23 saylı kitabxana filial
9. I Biləcik kənd 24 saylı kitabxana filial
10. Şəki kənd 25 saylı kitabxana filial
11. Aran kənd 26 saylı kitabxana filial
12. Çayqaraqoyunlu kənd 27 saylı kitabxana filial
13. Turan qəsəbə 28 saylı kitabxana filial
14. II Biləcik 29 saylı kitabxana filial
15. Qayabaşı kənd 30 saylı kitabxana filial
16. Baqqal kənd 31 saylı kitabxana filial
17. Qaratorpaq kənd 32 saylı kitabxana filial
18. Cəyirli kənd 33 saylı kitabxana filial
19. Daşüz kənd 34 saylı kitabxana filial
20. Cəfərabad kənd 35 saylı kitabxana filial
21. Göybulaq kənd 36 saylı kitabxana filial
22. Küdürlü kənd 37 saylı kitabxana filial
23. Aşağı Küngüt kənd 38 saylı kitabxana filial
24. Çeşməli kənd 39 saylı kitabxana filial
25. Fazıl kənd 40 saylı kitabxana filial
26. İbrahimkənd 41 saylı kitabxana filial
27. Aydınbulaq kənd 42 saylı kitabxana filial
28. Daşbulaq kənd 43 saylı kitabxana filial
29. Şirinbulaq kənd 44 saylı kitabxana filialı
30. Aşağı Daşağıl kənd 45 saylı kitabxana filial
31. Orta Zəyzid kənd 46 saylı kitabxana filial
32. Qırxbulaq kənd 47 saylı kitabxana filial
33. Köbər Zəyzid kənd 48 saylı kitabxana filial
34. Baş Zəyzid kənd 49 saylı kitabxana filial
35. Qudula kənd 50 saylı kitabxana filial
36. Baş Küngüt kənd 51 saylı kitabxana filial
37. Bideyiz kənd 52 saylı kitabxana filial
38. Oaravan kənd 53 saylı kitabxana filial
39. Şorsu kənd 54 saylı kitabxana filial
40. Qoxmuq kənd 55 saylı kitabxana filial
41. Oxud kənd 56 saylı kitabxana filial
42. Baltalı kənd 57 saylı kitabxana filial
43. İnçə kənd 58 saylı kitabxana filial
44. Cumaykənd 59 saylı kitabxana filial
45. Qaradağlı kənd 60 saylı kitabxana filial
46. Baş Şabalıd kənd 61 saylı kitabxana filial
47. Baş Göynük kənd 62 saylı kitabxana filial
48. Qumux kənd 63 saylı kitabxana filial
49. Baş Layıskı kənd 64 saylı kitabxana filial