Bu muzey Şəkidə 1925-ci ilin sentyabr ayında Maarif Komissarlığının əmri ilə yaradılıb. 1895-ci ildə kazarma məqsədi ilə tikilmiş bu tarixi abidəyə muzey 1980-cı ildən köçürülmüşdür.

Muzeyin ümumi sahəsi 924 m2-dir. Bunun 724 m2-də ekspozesiya zalları yerləşir. Muzeydə 5000-ə yaxın tariximizi və mədəniyyətimizi əks etdirən maddi və mədəni abidələr toplanmışdır. Bunlardan 3000-ə yaxını ekspozisiya zallarında nümayiş etdirilir.

Muzeydə aşağıdakı: 1) Təbiət; 2) Qədim dövr; 3) Etnoqrafiya; 4) Cumhuriyyət; 5) Elm, mədəniyyət, maarif və səhiyyə; 6) Döyüş şöhrəti; 7) İpəkçilik; 8) Kənd təsərrüfatı; 9) Şəkinin süfrə və mətbəxt mədəniyyəti; 10) H. Əliyevin həyat fəaliyyətini, o cümlədən Şəkiyə səfərini əks etdirən şöbələr vardır.

Muzeyin eksponatları dəfələrlə xarici ölkələrdə nümayiş etdirilmişdir. Madaqaskar, Efiopiya, Pakistan və başqa xarici ölkələrdə nümayiş etdirilmişdir.

Xarici ölkələrlə yanaşı respublikamızın paytaxtı Bakı şəhərindəki sərgilərdə, Şəki Türk litseyində, 1 nömrəli internat məktəbində və məktəblərdə keçirilən tədbirlərdə muzey eksponantlarınadan ibarət sərgilər təşkil edilmişdir. Hər il may ayının birinci istirahət günündə açıq qapı günü keçirilir və muzeyə gələn tamaşaçılar muzeyə pulsuz baxırlar. İl ərzində muzeyə dünyanın hər yerindən tamaşaçılar gəlir və dünyanın bir çox tanınmış şəxsiyyətləri muzeyin rəy kitabında öz təəssüratlarını yazmışdılar.

Muzeydə ümummilli liderimiz mərhum prezident H.Əliyevin həyat və fəaliyyətinin müəyyən məqamlarını əks etdirən, Şəki Olimpiya Kompleksinin açılışı ilə əlaqədar yeni şöbə yaradılmışdır.